Ο ναός του Αγίου Βασιλείου βρίσκεται στα νοτιοανατολικά της Πελεκανάδας. Πρόκειται για μονόχωρο ξυλόστεγο ναό μικρών σχετικά διαστάσεων, η αρχική μορφή του οποίου αποκαταστάθηκε πρόσφατα από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Μεσσηνίας καθώς είχε αλλοιωθεί σε μεγάλο βαθμό από επεμβάσεις των νεότερων χρόνων. Ο ναός είναι κτισμένος με ημιλαξευτούς λίθους, άφθονα τεμάχια πλίνθων και κοσμείται με πλούσιο κεραμοπλαστικό διάκοσμο. Στα ανατολικά προβάλλει η κεντρική ημικυλινδρική αψίδα επί της οποίας εφάπτονται οι δύο πλάγιες, λύση ιδιαίτερα σπάνια στη βυζαντινή αρχιτεκτονική. Σε κάθε όψη ανοίγονται από τρία μονόλοβα παράθυρα, αρχικά τοξωτά, τα εξωράχια των οποίων οριοθετούνταν από κεραμική οδοντωτή ταινία. Στο εσωτερικό σώζονται ελάχιστα σπαράγματα τοιχογραφιών. Από την ανασκαφική διερεύνηση που προηγήθηκε των εργασιών αποκατάστασης διαπιστώθηκε ότι ο σημερινός ναός πλαισιωνόταν από κτήρια διαφόρων οικοδομικών φάσεων. Στα δυτικά αποκαλύφθηκε νάρθηκας, ενώ κατά μήκος της βόρειας πλευράς του ναού εντοπίστηκαν τα λείψανα παρεκκλησίου, θεμελιωμένου πάνω σε έναν ελαφρώς προγενέστερο καμαροσκέπαστο τάφο.

Συνολικά δεκατρείς τάφοι αποκαλύφθηκαν, από τα εύρήματα των οποίων συνάγεται ότι ο ναός χρησιμοποιήθηκε αδιάλειπτα ως κοιμητηριακός τουλάχιστον για δύο αιώνες, από τα μέσα ή το β΄ μισό του 12ου αιώνα έως και τα μέσα περίπου του 14ου αιώνα. Βάσει των ανασκαφικών δεδομένων και των μορφολογικών του στοιχείων ο ναός του Αγίου Βασιλείου θα μπορούσε να χρονολογηθεί στα τέλη του 11ου ή στο α΄ μισό του 12ου αιώνα. Αμέσως μετά, κατά τη διάρκεια του 12ου αιώνα, οικοδομήθηκε ο νάρθηκας και ο καμαροσκέπαστος τάφος, ενώ το παρεκκλήσιο φαίνεται ότι προστέθηκε μετά τον 13ο αιώνα, όταν πλέον η Μεσσηνία αποτελούσε τμήμα του λεγόμενου πριγκιπάτου της Αχαΐας.