Το οικοδομικό συγκρότημα του Ασκληπιείου στο κέντρο της Μεσσήνης περιγράφεται από τον περιηγητή Παυσανία ως ένα ιερό με πολλά αγάλματα θεών και ηρώων. Ένας ορθογώνιος χώρος οριοθετείται περιμετρικά από τέσσερις διπλές στοές: στην ανατολική βρίσκεται το Εκκλησιαστήριο ή Ωδείο, το Πρόπυλο, το Συνέδριο ή Βουλευτήριο και η αίθουσα του Αρχείου του Γραμματέως των Συνέδρων. Η δυτική πτέρυγα φιλοξενούσε σειρά δωματίων (Οίκων), εντός των οποίων έστεκαν τα αγάλματα του Απόλλωνος και των Μουσών (Οίκος Ξ), του Ηρακλή, της Θήβας και του Επαμεινώνδα (Οίκος Ν), της Τύχης (Οίκος Μ), και της Αρτέμιδος Φωσφόρου (Οίκος Κ). Στη βόρεια πτέρυγα δέσποζε το μεγάλο οικοδόμημα του Σεβαστείου ή Καισαρείου, αφιερωμένου στη λατρεία των ρωμαίων αυτοκρατόρων και της Ρώμης. Στο κέντρο του αιθρίου του Ασκληπιείου ιδρύθηκαν ο δωρικός ναός και ο βωμός του Ασκληπιού, ο οποίος λατρευόταν στη Μεσσήνη με την ιδιότητα του γενάρχη των Μεσσηνίων.

Η ανέγερση του Ασκληπιείου χρονολογείται το 215/4 π.Χ. και συνδέεται με την προσπάθεια των Μεσσήνιων να προβάλλουν την ταυτότητα και την καταγωγή τους. Στην ίδια θέση προϋπήρχε ιερό του 7ου/6ου αιώνα π.Χ., το οποίο μετά την ίδρυση της Μεσσήνης το 369 π.Χ. εντάχθηκε στο σχέδιο της πόλης.