Ο ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος καταλαμβάνει κεντρική θέση στο εσωτερικό του Νιόκαστρου της Πύλου. Αρχικά οικοδομήθηκε ως οθωμανικό τέμενος επί σουλτάνου Μουράτ Γ΄ (1573-1595). Κατά την διάρκεια της Β΄ Ενετοκρατίας (1685-1715) μετατράπηκε σε καθολική εκκλησία και αφιερώθηκε στον Άγιο Βίτο. Μετά την ανακατάληψη του Νιόκαστρου από τους Οθωμανούς το 1715 πιθανολογείται ότι το κτήριο μετατράπηκε και πάλι σε χώρο ισλαμικής λατρείας. Τον Απρίλιο του 1770, στα Ορλωφικά, μετατρέπεται σε ορθόδοξη χριστιανική εκκλησία. Ο ναός ενδεχομένως χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη πολεμοφοδίων κατά την παραμονή των γαλλικών στρατευμάτων στο Νιόκαστρο (1828-1830) και μετά, τουλάχιστον μέχρι το 1842. Τότε, ή λίγο αργότερα, πρέπει να αποδόθηκε το μνημείο στην ορθόδοξη χριστιανική λατρεία. Ο ναός σήμερα περικλείεται από περίβολο στις τρεις πλευρές του (εκτός της ανατολικής) και αποτελείται από τον κυρίως ναό και το προστώο. Έχει κάτοψη τετραγώνου και είναι κτισμένος με αργολιθοδομή, η οποία σε μεγάλες επιφάνειες έχει επενδυθεί με λαξευτούς πωρόλιθους. Εκτεταμένη χρήση πλίνθου παρατηρείται στον κεντρικό τρούλο, στις καμάρες και αλλού. Εσωτερικά, τέσσερις πεσσοί στηρίζουν ανωδομή με κεντρικό τρούλο και τέσσερις καμάρες που διατάσσονται σταυροειδώς. Οι χώροι μεταξύ των καμαρών διαμορφώνουν τέσσερα μικρά γωνιακά διαμερίσματα που καλύπτονται με τρουλίσκους. Μεγάλα παράθυρα διατρυπούν όλες τις πλευρές του κτηρίου, εκτός της ανατολικής, όπου είναι σφραγισμένα. Στην εσωτερική παρειά της ανατολικής πλευράς του ναού διαμορφώνεται η περίτεχνη κόγχη του οθωμανικού τεμένους (μιχράμπ), η οποία δεν διακρίνεται εξωτερικά.